畲医认为人的生命由心、肝、肺、脾、肾、胆六脏的神来主宰(通常简称“六神”)。“六神”各司其职，指挥人体三十六骨节，七十二筋脉，十二条血路，二十八脉活动。人体靠气血筋脉来维持生命，气血旺盛，筋脉顺畅，生命活动就正常，人的身体就健康；若气血不足，筋脉不畅，人的身体就羸弱；若气血不调或气血衰弱、筋脉滞阻，瘟邪侵蚀，则疾病发生；若气竭血枯，筋痉脉止则生命活动就停止。
畲族崇尚“六神”，认为“六神”受损害就会得“六神病”(也称“六辰病”、“六时病”)，一般症状为每天定时畏冷，甚至寒战，但不发烧，逐渐寒战减而疲乏无力、精神萎靡、厌怠等症状加剧，如伤到心，则出现发笑不止(狂笑)或无故啼哭不停，甚至发狂等；伤到肺，则咳嗽不止，甚至失声、咳血、喘憋等；伤到肝，则出现全身发黄，肝胁疼痛，甚至膨胀等；伤到肾，则尿频尿急，膀胱胀满而排不出尿或小便不禁，或一直有排尿感，甚至尿血等；伤到脾，出现食欲不振，胃肠胀满，膈呃，甚至呕吐，呕血等；伤到胆，会担惊受怕，眼睛一闭就感到大难临头而大喊大叫等。“六神病”需及时采用“六神药”治疗，根据不同时辰，不同部位，不同症状，辨证施治。若治不及时或治疗失当，就会危及生命。对痧症的认识。畲医认为痧症有实无虚，发病原因复杂，有风、湿、火三气相搏而生，或受风寒、暑湿、气血。食积、痰饮等痧邪乘机而入，一年四季均可发生，夏秋湿热气盛，人过度疲劳或贪酒色而易感痧邪故较常见，春冬有因粪秽所触而发，有因饥饱劳瘁而生，有因食热酒热汤而得，有因染疫气而患等。及时治疗一般可愈，但遇危症，治不得法或失治，亦致死亡。
对伤的认识。畲医认为，凡机体某部位受到外界突然的强力打击(跌、打、扭、压等)而致局部筋骨或软组织受到损伤称为“伤”，不仅在局部出现疼痛，还可引起全身变化，若治疗延误或失当，重者可致死亡：若加上受到风湿寒邪的袭击，就会转化为风伤，因而对“伤”特别重视，把机体的碰撞或疼痛都说是“伤”，甚至连风湿性关节炎也认为是“风伤”。畲族还把“伤”与时辰连在一起，认为人体有十二处气血调和往来之处，按照十二时辰(或六时)与二十四节气(四季)的变化，周而复始地循环，若某一处气血受伤，就会造成血脉不畅，致成“穴伤”，或称“内伤”。同一位置受伤的时间与季节不同，出现的症状与治法、用药也不同，把受伤部位与时辰紧连一起，认为血脉某时辰行到某脏器时受伤则不治，产生了十二时辰不治说，如子时受伤在胆，见目开症不治；丑时受伤在肝，失气不能呼吸者不治；寅时受伤在肺，气逆上面面色红赤者不治；卯时受伤在大肠，腹痛面红不治；辰时受伤在脾，面有青色不治；已时受伤在胃，气大、吹气而不息不治；午时受伤在心，血攻心而赤红者不治；未时受伤在小肠，吐饭且面青色不治；申、酉时受伤在膀胱、肾，失气、目翻白、口开不治；戌时受伤在胞络，不能言语者不治；亥时受伤在三焦，目开不能转睛者不治。畲医认为这些不治之症多属内脏损伤。按现代医学的观点，内脏损伤若治疗及时，多数可治。
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畲医对伤的分类是根据伤势而有两种分类法：一是将伤分为内外伤两种，再根据症状分为若干种。内伤指受伤后引起气血、经络、脏腑病变，气血阻滞或凝结，包括伤脑(类似脑震荡)、伤气(类似气胸等症)、伤血(类似内脏破裂)、气血两伤、伤筋(类似韧带断裂或挫裂)。外伤指身体外部的皮、肉、筋、骨损伤，包括开放性骨折、皮肉破裂等。二是根据受伤的部位、症状，将伤分为外伤(皮肤或浅层组织受伤而出现皮下瘀血)、创伤(跌伤或弹击、刀砍等外伤)、骨折(柳枝骨折、开放性骨折等)、内伤(内脏损伤)、穴伤(俗指点穴产生气血循行紊乱或阻滞)、食伤(暴饮暴食而引起积滞不化、疳积等)六种，各种伤症都有具体症状与体征，比较明确。
对小儿风症的认识。小儿风证的含义是广义的，认为“病痉”与津液气血有关，男妇皆有，如过汗变痉，风病误下变痉，疮家误汗变痉，产后汗多遇风变痉，跌扑破伤冒风变痉，表虚不任风寒变痉，失血过多变痉等等，而小儿初生，阴气未足，性禀纯阳，身内易致生热，热盛则生风生痰；小几腠理不密，更易感寒邪，寒邪中人，必先入太阳经，太阳之脉，起于目内眦，上额交巅，所以病则筋脉牵强，遂有抽掣搐弱，故一般临床上对频繁抽风和意识不清的都叫“惊风”，分为急慢二型，有急惊属实，慢惊属虚的说法，发病主要原因是外感时邪，内蒸痰热及久吐久泻，脾虚肝盛等，小儿风证分72种，阳风、阴风、半阴半阳风各24种。
阳风：嘻笑风、项直(强)风、蛇舌风、天丑风、太阴风。太阳风、上脑风、中脑风、下脑风、五软风、黄疸风、热肝风、惊哭风、塔头风、红皮风、胀血风、急性风、吐酸风、最慢风、前天脐风、急惊风、吹气风、凹脑风、凸脑风。
阴风：疳积风、血痛风、骨痛风、血筋风、摆肾风、反腥风、痰肺风、擂头风、全身不遂风、锁喉风、噤口风、慢性风、慢胀风、慢脾风、斑毒风、香酸风、迷气风、神法风、摆接风、痿则肉风、嗳气风、吐血风、吞血风、钱毒风。
半阴半阳风：单蛇出洞风、双蛇出洞风、牛鼻风、地丑风、日丑风、皮痛风、心风、锁肚风、半身不遂风、单卫风、双卫风、黄皮风、迷心风、祛痛皮风、砂惊风、痹麻风、迷痰风、胎毒风、慢惊风、痞血风、麻木风、肾重风、肺重风、胞皮风。
还有脐风、赤游风。慢窍风、法钱风等不在72种风证之中，患者临床表现象现代医学的“流脑”、“乙脑”等脑髓病变者，畲医也认为属“风证”，也用治疗风证的中草药治疗，但剂量较大，临床上也有疗效。
畲医对疾病有独特的分类法与命名法，将疾病分为寒、风、气、血症和杂症五大类，每类又根据症状分为72种。对疾病的命名或根据病变部位(如长在腹部的疖肿称肚疗，长在项部的疖肿称项虎等)，季节时期不同而命名(如暑痧、寒痧、风痧等)，或仿动物的形态特征(如蛇痧、家痧、兔痧等)，或根据患者病痛发出的声音(如鸭痧、狗痧、蜜蜂痧等)，或根据患者发病时的体征(如反弓痧、羊舌痧等)，或根据患者自觉症状(如穿心痧、蚂蚁痧等)，或根据治疗方法特点而命名，形象通俗，容易记忆，自成体系，富有特色。
畲医用药遵循“寒者热之，热者寒之”的基本法则，药品以植物药为主的自然药物，且鲜品居多，常用单味，也用复方。用药讲求新鲜，过年药一般不用；以原生物为主；少数经过特别的加工炮制，常以鸡、鸭、猪脚、猪肚、猪心肺、猪肉、糯米酒、红刺、红糖或白糖、蜂蜜、童便等佐之，注重以脏补脏，讲究煮药方法，重视服药时间与忌口，用药剂量都比较大，常用畲药有多种。
畲医注重养生之道，认为动者不衰，乐则长寿，修身养性，听天由命，“竹子树木日晒雨淋长得快，镰革(镰刀)常磨勤使才会利”，这与“流水不腐，户枢不蠹”一脉相承，因而通过图腾信仰的各种祭祀活动和传统的民族节日，以千姿百态的畲族民间音乐舞蹈，独树一帜的畲家武术，妙趣横生的民族游戏等加以表现，使舍民乐而忘忧，娱以解乏，身体强壮，“邪不胜正，病邪贼风也无法为害”，以期达到强身健体，益寿延年，体现畲族别具一格的养身之道。